Il tuo problema penso dipenda dal fatto che state usando il sistema IMAP perciò cosa fa un di voi si ripercuote su tutto l'indice. Potrebbe essere una soluzione, un po macchinosa, di salvare su una cartella in locale (ognuno la propria quindi e NON sincronizzata) e solo dopo leggere la posta così da risultare "letta" solo a chi lo ha fatto realmente.