Fammi ripetere per verificare tutti i passi.
Hai configurato un account IMAP, sposti una mail in cartelle locali, la cancelli da web (o da altro dispositivo) e
quando torni in cartelle locali la mail non c'è più?
Le cartelle locali sono per definizione "locali" quindi se da web o da altro dispositivo riesci a cancellare una mail sul tuo pc
vuol dire che, e non ho idea come tu abbia fatto, hai spostato cartelle locali sotto l'account IMAP.