Buonasera.
La questione PEC è un po' particolare, ti conviene specificarlo nel titolo che si tratta di questa.
So che ci sono persone nel forum esperte di questo tipo di servizio, ma se non leggono che si tratta di PEC magari vanno oltre senza leggere il post.
Leggo che hai già indicato che l'antivirus è AVG e non hai estensioni, neppure nulla di specifico per la PEC?
Fornisci più dettagli possibili sulla tua configurazione di Thunderbird, compresa la versione, così chi è in grado di aiutarti ha già una situazione chiara e più completa possibile.
Quando scrivi: Erano scomparsi anche dalla webmail; intendi che ora sono ricomparsi nella webmail?
Ho dato una veloce occhiata alla guida e mi sono posto queste domande da profano: non possono aver cambiato qualche parametro nel frattempo o il certificato non è più valido e da aggiornare?