Potresti fare una prova. Se non erro, le preferenze relative al posizionamento di quei pulsanti sono salvate nel file
localstore.rdf che è nella cartella del profilo.
Quel file contiene la configurazione delle barre degli strumenti e la forma della finestra.
Thunderbird > menu Aiuto > Risoluzione dei problemi > Informazioni di base: clic sul pulsante accanto alla voce Cartella del profilo (non so come si chiama su Linux, su Mac è Mostra nel Finder).
Ti si apre la cartella del profilo (xxxxxxxx.default). Chiudi Thunderbird. Nella cartella, trova il file
localstore.rdf e trascinalo fuori dalla cartella copiandolo/salvandolo da qualche parte (desktop).
Esci dalla cartella del profilo, chiudila e riavvia Thunderbird.
Potresti notare che avrai perso alcune personalizzazioni nell'interfaccia (se l'avevi personalizzata) ma in pratica dovrebbe ricomparire quello che ti è sparito. Se ok, puoi sempre ripersonalizzare il tutto con un po' di pazienza. Se non è cambiato niente, segui la procedura inversa per rimettere al suo posto il file localstore.rdf originale e vediamo se ci sono ulteriori e risolutivi suggerimenti