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Stai utilizzando la versione della tua distribuzione oppure (come mi pare di capire) la buid di Mozilla?
Se è la seconda, come credo, io agisco in questa maniera, non so se sia corretta ma (da ignorante quale sono) mi funziona sempre.
- Mi porto nella cartella dove ho installato il programma dalla build di Mozilla (il programma, quindi la cartella è thunderbird e non i dati, quindi non la cartella .thunderbird), seleziono tutti i file e li sposto nel Cestino.
- Copio nella cartella ormai vuota tutto il contenuto estratto dalla cartella decompressa della nuova versione.
- Avvio Thunderbird.
- Se è tutto a posto, svuoto il Cestino e cancello la cartella dell'ultima versione scaricata.
Spero di esserti stato d'aiuto, tanto il procedimento è lo stesso anche se ho Mint e non Ubuntu.