Buongiorno.
Se ho ben capito, vuoi spostare le mail di tuo interesse in una apposita cartella locale e cancellare le altre dal server.
A quanto so, non puoi selezionare con Thunderbird le mail che vuoi scaricare, salvo che nella webmail non hai impostato dei filtri ed una cartella ad hoc per selezionarle direttamente sul server.
Per aggiungere delle tue cartelle personalizzate in Thunderbird devi andare con il cursore sulla voce
Cartelle locali, clic con il tasto destro del mouse
Nuova cartella e le assegni il nome che preferisci (puoi creare all'interno di queste altre sottocartelle).
Selezioni la mail di tuo interesse o che vuoi conservare, tasto destro del mouse,
Sposta in -> e scegli la cartella che vuoi, comprese quelle locali che hai creato nuove. Dopo puoi cancellare quelle nell'account (quindi sul server), quelle che hai spostato nelle cartelle locali restano sul tuo disco fisso.
Spero di aver capito bene