Ho pensato spesso, in questi giorni, a come risolvere il tuo problema, per me inedito.
Premessa: utilizzo IMAP da circa un anno e non sono un grande esperto.
Mi ha sorpreso il fatto che Gmail trova il "nuovo" account di Thunderbird e gli cancella tutta la Inbox perché esso (Gmail) ha in effetti la Inbox vuota. Credo che non dovrebbe funzionare affatto così ma non voglio mettere in dubbio le tue parole.
Stamattina mi sono ingegnato per questa rozza soluzione, in attesa che te ne venga fornita una più valida, ma non so se funzionerà.
Chiudi Thunderbird col profilo "vuoto" del PC che ha il problema.
Nel suo profilo, incollaci la cartella IMAPMail (questa è un'operazione che hai già fatto, vero?).
Scollegati da Internet (tasto wireless se hai un portatile, chiavetta wi.fi. o cavo di rete se hai un fisso).
Apri Thunderbird.
La posta dovresti ritrovartela nella Inbox, giusto?
Crea una cartella nuova in Thunderbird, hiamala ad esempio
"Test".
Trasferisci TUTTI i messaggi della Posta in arrivo in questa nuova cartella.
La Posta in arrivo adesso è vuota.
Non chiudere Thundrbird.
Collegati daccapo ad Internet.
Gmail e Thunderbird comunicheranno tra loro: a questo punto, Gmail
dovrebbe iniziare la lenta creazione e sincronizzazione della cartella "Test".
Al termine, da Thunderbird (o, se non funziona, in webmail con Gmail) trasferisce tutta la posta contenuta dalla cartella "Test" alla cartella "Posta in arrivo".
Secondo me il trucco dovrebbe funzionare.
Se è così, parleremo poi di come effettuare un duplice backup di sicurezza, risolviamo prima questo inedito problema.