Confermo il problema: anche a me (su Windows 8.1) la procedura automatica di SeaMonkey "vede" correttamente tutti i profili di Thunderbird (versione 24.2.0)... ma, pur dicendo che è tutto ok, alla fine non importa nulla da nessun profilo.
Non so se il problema sia causato da SeaMonkey oppure da Thunderbird... magari è solo un piccolo conflitto tra le attuali versioni di SM e TB.
Comunque, non c'è da meravigliarsi: anche l'analoga procedura di importazione di Thunderbird (da altri client) non ha mai funzionato bene (nel senso che non sempre importa tutto quello che dice di aver importato).
In ogni caso, secondo me non è una cosa grave: vista la buonissima "compatibilità" tra Thunderbird e SeaMonkey a livello di profilo, le cose importanti (tipo posta, rubriche, filtri, ecc.) si possono tranquillamente importare "a mano".
Resta il problema degli account di posta... ma a mio parere quelli conviene comunque sempre configurarli manualmente (visto che, data la "delicatezza" di queste impostazioni, non c'è mai da fidarsi troppo delle procedure di importazione automatiche).