Ciao, giusto per cercare di capire che cosa sta succedendo.
Dal menu Strumenti di Thunderbird fai clic su "Impostazioni account..." e nella parte sinistra della finestra che si apre fai clic sulla voce "Cartelle e copie" dell'account che ti interessa:
nella parte destra della finestra, nella prima sezione in alto "Dopo aver effettuato l'invio:" ("copia il messaggio in:" deve essere selezionato), l'opzione "cartella "Posta inviata" su:" è selezionata?
E se sì, in quale cartella è impostato lo spostamento del messaggio?