Per quanto riguarda i segnalibri puoi fare una copia preventiva di sicurezza da ripristinare successivamente. Credo che in questo caso la disinstallazione cancelli anche i dati di navigazione, i segnalibri, eccetera, ma non ne ho la certezza "assolutissima"... EDIT: l'aggiornamento diretto, anzi in questo caso il ritorno ad una versione precedente, senza disinstallazione, preserva i dati. (almeno con la versione di portableapps.com, ignoro se sia altrettanto con la versione di Winpenpack o altre).