Non si tratta di un bug ma di una semplificazione.
In passato la cronologia di navigazione e di download erano due opzioni separate, ora, come si vede anche dall'immagine che hai postato, sono state accorpate.
Per uscire dall'impasse prova questa soluzione.
Digita about:config nella barra degli indirizzi, invio, prometti, cerca questo parametro:
browser.download.manager.retention
dovresti trovarlo con valore 2 (cancellazione manuale), se vuoi che la cronologia dei download venga cancellata appena effettuato correttamente un download metti 0, se vuoi che la cronologia dei download venga cancellata alla chiusura di Firefox metti 1.
Quanto sopra ripristina il funzionamento come era prima della semplificazione.
La soluzione proposta da @Gioxx nel punto 2 ottiene lo stesso risultato di porre il valore di quel parametro a 1 utilizzando un'altra opzione (simile ma non la stessa).