Stasera si è presentato anche a me questo problema, con TB 9.0.1 su wuindows sette 64.
Dopo essermi un po' rotto la testa, aver reinstallato tutto ecc, ho risolto andando manualmente a commentare (con #) tutte le righe di prefs.js che contenevano la parola "spam" e poi riavviando.
Il file lo trovi dentro la cartella del profilo, le righe in questione sono una dozzina (ho due account su questo profilo) e quindi ho fatto in fretta.
Ricordati, prima di modificare il file prefs.js, di farne una copia di backup.
Alla fine, dopo aver riavviato TB, comincia da strumenti-> opzioni -> sicurezza -> indesiderata, in cui dovrai attivare lo spostamento dello spam, e poi nelle impostazioni dei singoli account vedrai riapparire le cartelle di destinazione della posta junk.