Allora,
fai un backup del profilo di TB, quello che c'è in %appdata%\Thunderbird va bene.
Richiudi TB e cancella questo file:
global-messages-db.sqlite
dalla cartella del profilo (ci arrivi dal menu Aiuto -> Risoluzione problemi -> Apri cartella del profilo)
È creato dalla ricerca globale (non da quella veloce), però è possibile venga usato anche da quella, non trovo indicazioni utili a riguardo, quindi è un tentativo con poche speranze di riuscita. comunque viene ricreato al successivo riavvio, quindi provare male non fa.
Se non basta, esegui nuovamente la cancellazione degli indici + compattazione:
http://forum.mozillaitalia.org/index.php?topic=29546.0(fai un backup mi raccomando).
Se non dovesse funzionare, che antivirus hai?