Sì
Col POP3 puoi scegliere se assegnare ad ogni account un suo
albero specifico (ognuno con tutte le cartelle che hai citato) o se condividere per tutti gli account lo stesso
albero di Cartelle Locali (magari suddividendolo in
rami secondo le tue esigenze).
Solo nel primo caso la rimozione di un account comporta l'eliminazione di tutte le sue email (visto che viene eliminato il suo
albero… che comunque, se non sbaglio, rimane presente
fisicamente sul disco, anche se non visibile da Thunderbird).
Nel secondo caso invece le email resteranno al sicuro nell'
albero di Cartelle Locali (che non viene coinvolto dalla eventuale rimozione di account).