ImportExportTools l'ho scritta io, quindi - contrariamente a quanto avviene spesso nella vita - so bene quello che dico
Se tu fai Strumenti --> ImportExportTools --> Salva tutti i file della posta, dovresti avere una cartella dal nome strano, tipo ws5v9ve.default-YYYYMMDD, con dentro due sottocartelle, una di nome "Mail" e l'altra "ImapMail".
In queste due cartelle, dovresti trovare una serie di sottocartelle (corrispondenti ai tuoi account) con dentro tutta la tua posta, in formato mbox.
L'unico caso in cui questo non funziona è se tu salvi la posta in qualche posizione non standard, cioè fuori dal profilo (questo bug verrà presto risolto).
Questo vale al 100% con gli account di tipo POP3.
Con gli account IMAP, il discorso è più complesso.
Il tuo account com'è?
Cmq controlla se nella cartella nws5v9ve.default-YYYYMMDD hai i file che ti dicevo.
Giusto per informazione, dalla versione 2.5 c'è un sistema automatico di backup programmabile, sbircia in Strumenti --> ImportExportTools --> Opzioni --> Backup periodico.