Esatto... temendo un errore nel database, ti ho fatto eliminare il database dei segnalibri e tutti i suoi backup, cosicchè firefox ha importato i segnalibri dall'unico file che ancora li contenesse: bookmark.html.
Insomma... firefox non trovando places.sqlite (il database) ne ha ricreatouno nuovo (e quindi funzionante) nel quale ha poi inserito i segnalibri presenti in bookmark.html (che sebbene non più utilizzato dal browser per il suo funzionamento, è comunque in grado di riconoscerlo ed utilizzarlo se non ha altro a disposizione).
In conclusione, bookmark.html ora non è più utilizzato, perchè ora Firefox ha ricreato il suo database (places.sqlite) ed utilizza quello.
Qualsiasi cambiamento facessi ora sul file bookmark.html insomma non produrrebbe alcuna modifica tra i Segnalibri del browser, a meno che naturalmente non ripetessi tutta la procedura di sopra.
Il file è comunque editabile, ma te lo sconsiglio, se non sei sicuro di quel che stai facendo.
Se però vuoi fare delle prove, fai prima il backup del profilo!
PS: io "complicato" file bookmarks.html, hai provato ad aprirlo direttamente col browser?
Per quanto riguarda flashgot, hai per caso provato DownThemAll? E' un download manager che, a differenza di flashgot, non si appoggia su programmi esterni. Io lo preferisco.