Non conosco affatto la versione portable, ma dovrebbe avere al suo interno la cartella del programma separata dal profilo.
Fai una copia di backup e mettila in un'altra unità. Elimina la cartella del programma.
Poi installa (temporaneamente) sul tuo HD la versione portable 2.0.0.16* e copia tutto il contenuto della cartella del programma, contenuto da incollare nella chiavetta usb U3.
Se l'escamotage funziona, puoi sbarazzarti della copia di backup archiviata in un'altra unità e anche della versione portable installata temporaneamente sull'HD.
Ripeto: non sono assolutamente certo che questa sia la via giusta, ma al posto tuo io prima cercherei tra le FAQ della tua versione sul relativo sito e solo poi tenterei questa prima strada.
* forse è pure possibile prendere la cartella del programma da una semplice versione .zip, senza l'installer.