Le directory che iniziano con un punto (come ad es $HOME/.mozilla) sono invisibili, quindi devi abilitare sul tuo file manager l'opzione per visualizzare i file invisibili.
Oppure, caldamente consigliato, perchè più semplice usi la shell.
Per fare uno script del genere, la cosa più semplice è fare così:
1) cancella tutti i cookies da Firefox
2) vai nel sito che ti dà il cookie che vuoi mantenere
3) chiudi Firefox
4) copia il file cookies.txt da qualche altra parte e chiamalo, ad es., mycookies.txt
5) fai uno script che cancella il file cookies.txt di Firefox e lo sostituisce con una copia di mycookies.txt