Hai semplicemente chiesto una cosa che, a quanto mi risulta, non è fattibile.
Una strada è esportare i segnalibri, modificare a mano il file html (perché lì sono memorizzate le favicon) e reimportare.
In alternativa cercare un'estensione che permetta di modificare la favicon (una volta c'era FavIcon Picker, non se esista ancora).