Una cosa non ho capito:
vuoi scaricare i messaggi solo manualmente o farli scaricare in automatico ogni "tot" minuti e allo stesso tempo poter fare un controllo quando ti pare facendo clic su "Scarica messaggi" per vedere se nel frattempo ne sono arrivati di nuovi?
Comunque, per fare quello che ti suggerisce @emo, devi fare clic sul pulsante dei menu di Thunderbird (quello con le 3 lineette nell'angolo in alto a destra della finestra di Thunderbird), fare clic sulla voce di menu "Impostazioni account" e nella scheda/finestra che si apre, sotto il nome di ogni account che hai configurato, c'è la voce "Impostazioni server" su cui fare clic per visualizzare a destra le impostazioni server di quello specifico account.
A me, pur avendo lasciato l'impostazione predefinita di scaricare automaticamente i messaggi ogni "tot" minuti, il pulsante "Scarica messaggi" per il controllo manuale, funziona senza problemi.