Fatti un backup del file dei segnalibri, a Firefox chiuso.
Poi vai nella gestione dei segnalibri di Firefox (Maiusc+Ctrl+O), elimina i segnalibri che non ti interessano ed utilizza l'apposita voce per esportarli in HTML.
Chiudi Firefox e sostituisci il file dei segnalibri con quello salvato in precedenza.