vorrebbe dire che alcuni di questi caratteri FF in Linux non li legge, ma usa altri.
Non proprio.
In un PDF i caratteri possono essere solo dichiarati oppure incorporati (embedded).
Quando apri il file PDF, i caratteri dichiarati vengono recuperati dai caratteri disponibili nel sistema operativo; se un carattere non è installato nel sistema operativo ne viene selezionato uno simile secondo una serie di criteri di similitudine. Per i caratteri incorporati invece il problema non si pone perché vengono recuperati dal documento stesso. Quello che io sto ipotizzando è che alcuni dei caratteri dichiarati nel documento non siano disponibili sul tuo sistema operativo oppure non siano accessibili a Firefox. Questa seconda ipotesi è più probabile se Firefox è installato come pacchetto Snap o Flatpak.
Comunque ripeto, proverei ad aprire il file PDF anche con un programma dedicato.