In outlook, ma penso funzioni anche con thunderbird, mi capita spesso di dover fare trasferimenti da un pop3 a imap.
Configuro i due account, poi seleziono le mail del pop3 e le copio nell'account imap rispettando le stesse posizioni.
A seconda però della velocità delle reti e del server potresti dover copiare gruppi ridotti di mail per non rischiare perdite o tempi lunghissi di copia.
Altrimenti, ti crei un archivio separato dove ti vai a copiare la posta pop3 e te la tieni in locale su un solo pc, se la consulti solo da un computer, oppure copi lo stesso archivio su più pc come archivio storico di sola lettura.
Una volta fatto tutto rimuovi l'account pop se non ti serve più.
Dipende sempre dalle tue esigenze.