IMAP sincronizza il contenuto sul server con il contenuto sul tuo computer. Per cui se le hai cancellate sul server, vengono cancellate anche su Thunderbird. Per mantenere una copia sul tuo computer devi usare il protocollo POP3.
E' possibile che i messaggi siano ancora recuperabili ma è fondamentale che eviti di avviare ancora Thunderbird. Cerca nel forum come individuare il profilo di Thunderbird e poi riporta quali cartelle e file trovi per capire cosa è recuperabile.