Buongiorno.
@hotlancelot, tutto o quasi si può fare in Thunderbird, è però necessario avere delle informazioni almeno minime come chiesto da @miki64.
Nei tuoi post non hai specificato di quale cartella esattamente si tratta, se è un account di tipo POP3 oppure IMAP,
il file di backup che si vuole "portare" nel Profilo in uso in quale formato è, insomma troppe variabili a noi oscure.
(Giusto per info, ma fornisci altre info per cortesia prima di procedere, con Thunderbird chiuso in linea di massima è possibile copiare il contenuto della cartella di backup nel Profilo in uso, però prima bisogna capire il perché si è svuotata questa "misteriosa" cartella onde evitare che il fatto si ripeta subito al primo avvio.