Potrebbe esserci un modo più rapido ma a me per il momento viene in mente solo questo...
menu Segnalibri > Visualizza tutti i segnalibri > nella finestra Libreria clic su Tutti i segnalibri. A destra dovresti vedere le cartelle Barra dei segnalibri, Menu segnalibri, Altri segnalibri, ecc.
A destra nell'elenco delle cartelle, fai doppio clic ad esempio sulla cartella Menu segnalibri e fai clic sul primo segnalibro poi, premendo il tasto ctrl (non so se è giusto per Windows, utilizzo un Mac e devo usare il tasto Maiusc), fai clic sull'ultimo per evidenziarli/selezionarli tutti e una volta selezionati fai clic col tasto destro del mouse e dal menu contestuale selezioni Elimina, dovrebbe eliminarti tutti i segnalibri di quella cartella. Procedi così anche per le altre cartelle. Spero funzioni…