Voglio che chi vuole visualizzare le altre cartelle lo faccia solo tramite webmail sul browser,
Chiaro.
mentre le ricevute devono essere copiate attraverso un filtro in una cartella avviando Thunderbird.
Non chiaro.
La difficoltà qui qual è per te?
Hai creato il filtro e non ti funziona oppure che cos'altro?
Penso che però se non vengono scaricate per intero le email in arrivo in thunderbird non potranno essere copiate sull'altra cartella attraverso il filtro, giusto?
Non chiaro.
Che cosa intendi per "non vengono scaricate per intero le email in arrivo"?
Forse che in IMAP fai scaricare solo le intestazioni?
Quindi per evitare che qualcuno cancelli le email dal server involontariamente attraverso thunderbird, devo per forza usare il protocollo POP3 e l'apposita funzione che lascia le email sul server,
Chiaro.
o esiste un modo anche col protollo IMAP?
Non chiaro.
Per me potresti anche utilizzare il protocollo IMAP (fare una prova su una postazione è facile, veloce e reversibile) e in più NON sottoscrivere la cartella che ti interessa salvaguardare.
Se poi questa cartella deve essere per forza gestita da un utente ma vuoi che comunque egli non ne cancelli il contenuto, allora è tutto un altro discorso ed effettivamente in questo caso IMAP non va bene.