Il problema non è Linux, assolutamente.
1) Se l'account era IMAP, come mi pare di capire, lo stesso account si è sincronizzato online con quello che ha trovato, cioè cartelle vuote (sempre se ho ben compreso il passaggio).
2) Se non c'è nulla nelle cartelle locali, di conseguenza non c'è nulla da nessun'altra parte.
3) Se non è mai stato fatto un backup dei messaggi nella
cartella del profilo, il tuo amico è causa del suo male, nulla c'entrano Linux o Thunderbird.