Non mi sono mai imbattuto, personalmente, in una problema del genere ma - dopo avere fatto una copia di sicurezza in entrambi i formati disponibili in "Importa e salva..." - io preferirei cancellare i doppioni manualmente, piuttosto che affidarmi ad un'estensione (Ctrl + Maiusc + B, poi seleziona la cartella o il segnalibro e fai clic su "Elimina" del menu contestuale).
Spero che la mia risposta sia soddisfacente.