Se non riuscirarai a risolvere, reinstalla la versione 49.0.2 sopra la 50 e ti dovresti ritrovare nella situazione precedente, io ti sto scrivendo dal mio PC di casa dove ho ancora la versione 49.0.2 che volutamente non ho ancora aggiornato, perchè nel PC dell'Ufficio con Win7 (64bit) in Inglese (non in Italiano) la versione 50 appena installata non mi apriva più neanche una URL; ho reinstallato la 49.0.2 e tutto è tornato a funzionare come prima ... non so per la questione dei segnalibri, ma sono convinto che da qualche parte ci sono (Miki64 ti ha indicato il nome del file bookmarks.html) ... solo che Firefox probabilmente (anzi sicuramente) non li vede come hai scritto tu, ma nel momento che farai l'nstallazione della 49.0.2 lo stesso Firefox dovrebbe andare a riprenderseli automaticamente.
Personalmente non mi fido ancora a passare alla 50 nel mio PC di casa, ho avuto una brutta esperienza in ufficio e ora che leggo queste anomalie vorrei essere sicuro al 100%
Anch'io non ho mai avuto problemi con gli aggiornamenti alle nuove versioni (da sempre) e a dire il vero non mi sono mai neanche preoccupato di fare il backup dei segnalibri, Firefox salva sempre le sue impostazioni compresi i segnalibri, è una cosa molto strana, a mio parere quest'ultima versione è stata rilasciata, ma ha qualche bug che dovrà essere risolto (sono più che mai certo che non tutti gli utenti riscontrano problemi ... dipende probabilmente dalle configurazioni del singolo)
Comunque l'articolo postato da Michro dovrebbe esserti di aiuto (
https://support.mozilla.org/it/kb/Salvataggio%20e%20ripristino%20dei%20segnalibri), fai il ripristino dei segnalibri con la data più recente
