è normale che i filtri si esegano in automatico solo sulla posta in arrivo (non ha senso eseguirli in automatico su altre cartelle), in quel caso è lecito che siano solo eseguibili 'a mano'. Quello che fai quando il messaggio è già spostato, avresti potuto farlo direttamente 'alla prima ricezione'.
Se il problema lo ha fatto su due installazioni 'pulite', allora non so che dire, ho provato a fare lo stesso filtro e a me funziona perfettamente. Se può interessare ho TB 52.6.0