Buonasera.
Provo a dire la mia sul perché di questo strano comportamento, se poi lo è effettivamente.
Come bibbolo anche a me capita di trovare nella Spam mail segnate come già lette e altre no, non che la cosa mi interessi molto tanto poi con un clic sulla cartella le elimino in blocco.
Riguardo al comportamento in questione sono arrivato a questa personalissima conclusione: le mail segnate come lette sono dovute al fatto che queste sono già riconosciute dal filtro incrementale, forse per autoistruzione e/o perché in precedenza sono state segnate da noi come tali (il perché e per come non chiedetelo a me); le altre, quelle non segnate come lette, probabilmente perché è la prima volta che incappano in questo filtro (ha dei suoi parametri di default, presumo) e quindi per il "primo giro" si limita a spostarle nella Cartella Spam e a registrare tutti i parametri di questa, alla successiva, essendo già "conosciuta" procede come di prassi.