Si blocca lo stesso, anche impostando "salva la cronologia" e quindi rimettendo tutto di default, una volta aggiornato si riblocca come prima.
Ho comunque effettuato un nuovo tentativo: ho tolto il file prefs.js prima di aggiornare Firefox dalla 43 alla 44, e così facendo i cookies e la cronologia rimangono intatti

Rimane tutto, anche le estensioni installate. Vengono persi solo dei settaggi come la home page impostata precedentemente, le opzioni sulla cronologia,cookies,privacy ecc. che ovviamente tornano tutte di default azzerandosi senza il file prefs.js che viene ricreato da zero.
Comunque non è detto che il problema sia risolto definitivamente in questo modo... perché come ho già specificato pochi post prima, ricreando un nuovo profilo per alcuni giorni va tutto ok con la nuova versione, ma poco dopo torna a ribloccarsi. Non so se sia legato a qualche settaggio che magari nelle versioni precedenti funziona correttamente e dalla 44 in poi diventa instabile a causa di un bug. In questo momento infatti sono con la 44 dopo aver effettuato questo tentativo che vi ho appena descritto.
Vi allego il contenuto del prefs.js che con la 43 funziona, ma con la 44 manda tutto in blocco:
http://pastebin.com/raw/tv0G9PqS(quindi non è il prefs.js nuovo che viene ricreato a causa del precedente mancante, è proprio "l'originale")
sicuramente una o più stringhe contenute lì causano problemi alla nuova versione
Ho anche provato la nuova 45 beta 6, ma il risultato non cambia.
Se avete altre idee proponete pure

Grazie ancora