Anche io ricordo di aver fatto qualcosa del genere sia per Firefox che per Thunderbird, il file profiles.ini più che sostituito andrebbe editato per inserire il nuovo percorso della cartella profilo in Linux.
Oppure se hai già un profilo di default in Linux, cancella tutto nella cartella ed incollaci dentro il contenuto del profilo di windows, in questo modo il nome del profilo resta lo stesso e non va corretto profiles.ini.