I video in HTML5 sono quelli che Youtube fa vedere senza usare Flash, incorporando direttamente nella pagina i video in formato per esempio mp4 oppure WebM senza inserirli in un container come Flash.
Prima per vederli occorreva sottoscrivere un trial su Youtube che rimandava alla versione HTML5 quando questa esisteva, ora se ho capito bene è il contrario in un certo senso e Youtube tende a servire i video in HTML5 di default nelle recenti versioni di Firefox.
Anche se ho notato che in effetti se non disattivo completamente Flash ,proprio come dice l'articolo che hai citato, questo non avviene in realtà.
Riguardo al fatto che il parametro media.mediasource.enabled non sia su true di default, probabilmente dipende dal diverso comportamento dei vari sistemi operativi , non tutti sono in grado di riprodurre tutti i formati a seconda dei codec/librerie video disponibili, come puoi per esempio vedere in questo topic
Firefox e video mp4...Sperando di non aver detto troppe sciocchezze , un intervento chiarificatore di qualcuno più esperto sarebbe gradito...