Con gli account IMAP l'albero delle cartelle che viene creato su Thunderbird è quello che esiste sul server.
Non puoi importare le vecchie sottocartelle in quel modo, perché ovviamente vengono sovrascritte da quello che c'è sul server.
L'unica via è ricreare manualmente le cartelle e poi copiare i messaggi da un cartella locale (dove li avevi salvati in precedenza) alle cartelle che hai creato. Ci vorrà un po', perché i messaggi devono anche essere caricati sul server.