Uhm...
Io ho Linux e Windows, scambio la posta tra i miei due s.o. (però i profili sono indipendenti) e non riscontro nessun problema.
Varie volte in passato abbiamo assistito i nostri utenti per questo tipo di migrazione e mai abbiamo perso qualcosa.
Ti consiglio di fare così.
Se ho ben capito, Thunderbird lo stavi utilizzando
per primo su Windows.
1) Avvia Linux, cerca la tua
cartella del profilo di Thunderbird.2) Se ritieni che ci siano dati importanti, tagliala e incollala da un'altra parte.
Se invece in quel profilo hai dati parziali (come hai scritto) ma comunque hai un backup del suo contenuto (come hai scritto), sposta la cartella nascosta
.thunderbird nel Cestino.
3) Disinstalla Thunderbird da Linux (è il Thunderbird di sistema oppure la build di Mozilla?).
4) Installa Thunderbird su Linux, scegliendo dal link che segue la versione che preferisci.
ftp://archive.mozilla.org/pub/mozilla.org/thunderbird/releases/ 5) Chiudi Thunderbird.
6) Leggi nelle FAQ
http://forum.mozillaitalia.org/index.php?topic=16165.0 come spostare il profilo di Thunderbird, indicando da Linux il percorso per farlo "puntare" a quel disco rigido formattato in FAT32.
7) Apri Thunderbird... e oplà! Troverai tutto al suo posto, forse dovrai solo inserire le password (non so perché, a me le chiede ogni volta che trasmigro i dati) e personalizzare il programma con le estensioni, mentre Rubrica, account, filtri, antispam e tutto il resto li troverai tutti già belli e pronti!
È tutto.