La compattazione è stata fatta prima.
Bene.
Ma è una cosa normale che con la compattazione si cancellino alcune e-mail?
No. Però la compattazione elimina definitivamente solo le e-mail nel Cestino (o quelle di spam, dipende anche da come si sono impostate alcune opzioni o alcune estensioni atte all'uopo), quindi nel tuo caso non siamo sicuri affatto che Thunderbird abbia "toccato" le e-mail fuori dal Cestino.
Come detto da Deckard, si tratta di capire in realtà che cosa è successo, magari utilizzi dei filtri inadeguatamente impostati... questo puoi dircelo solo tu.
Se si quali vengono cancellate?
Le mail nel Cestino e nella Posta indesiderata, ad esempio, se hai impostato in quella maniera un'estensione tipo
"X-Punge".
Con il componente aggiuntivo suggerito riuscirei a recuperarle?
Con il componente aggiuntivo si possono recuperare se le e-mail non sono state compattate nella loro cartella.
Il tuo è un account POP3 o IMAP4? Riesci a trovare, quindi, le tue e-mail se ti colleghi in webmail con Firefox per tentarne il recupero?
Diamoci pure del tu, qui siamo tutti utilizzatori come te, ciao.