Boh, a me funziona correttamente, quindi non vedo perché dovrebbe essere un problema così. Comunque la tua procedura non è molto corretta, in termini di filosofia del filesystem e di unix in genere... Prova a fare così (ed è la procedura corretta per tutti i programmi binari aggiunti a mano, non solo per seamonkey):
1. Decomprimi il .tar.bz2 scaricato da qualche parte, compare una cartella di nome "seamonkey".
2. Apri un terminale e diventa root (oppure usa sudo ogni volta), poi spostati nella cartella dove è presente la cartella "seamonkey", per esempio il Desktop o la cartella Download suppongo.
3. dai il comando "mv seamonkey /usr/local" per spostare la cartella "seamonkey" in /usr/local
4. dai il comando "ln -s /usr/local/seamonkey/seamonkey /usr/local/bin" per creare un collegamento all'eseguibile di seamonkey nella cartella bin.
A questo punto non c'è altro da fare. Non devi modificare permessi né altro, l'eseguibile sarà eseguibile anche da tutti gli utenti normali. Cancella quindi la cartella seamonkey che avevi messo dentro /usr/local/bin e soprattutto prova a creare un nuovo profilo e non usare lo stesso della versione a 32bit.