Purtroppo per te utilizzo un Mac... vediamo se qualche utente Linux passa da queste parti.
Di solito per cancellare più messaggi faccio clic sul primo messaggio che intendo eliminare tenendo premuto il tasto Maiusc poi clic sull'ultimo messaggio che voglio eliminare e una volta che i messaggi sono evidenziati faccio clic sul pulsante "Elimina" che compare nella parte destra della finestra di Thundebird.
Se devo cancellare tutti i messaggi (non solo un gruppo), clic sul nome della posta in arrivo dell'account che mi interessa e Cmd + A.
I messaggi vengono tutti selezionati e poi faccio clic sul pulsante "Elimina" nella parte destra della finestra (c'è il pulsante Archivia e quello Elimina).
Non so su Linux quali siano i tasti corrispondenti...