Se non ricordo male, le impostazioni di flash non stanno memorizzate insieme ai cookie, ma sono specifiche.
Quando è stata introdotta la funzione di "cancella cronologia recente" infatti le preferenze dei siti flash venivano mantenute, e solo in seguito era stata aggiunta una voce che gestisse le preferenze dei plugin esterni (voce che ora non vedo, non so se perchè rimossa o se abbia solo cambiato nome).
Se fosse rimasta, ti basterebbe levare una spunta dalle voci prima di fare pulizia.
Dai un'occhiata
qui, un link che tempo fa avevo salvato a riguardo.
PS: ovviamente se crei un secondo profilo in cui imposti la non cancellazione della cronologia, le preferenze dei siti in flash allo stesso modo dovrebbero essere mantenute.