Se in POP3 non vuoi eliminare dal server la posta che scarichi, in generale devi abilitare l'opzione "Lascia i messaggi sul server" in "Impostazioni server" di quell'account.
Se adesso vuoi "ripristinare" la situazione originaria, a questo punto ti conviene impostare (temporaneamente) un account IMAP così da avere "accesso diretto" alle cartelle del server (se Hotmail consente l'uso dell'IMAP, cosa che però io ignoro!
).
In ogni caso, prima di qualunque altro "esperimento", salva subito una copia di backup di tutta la posta (o meglio dell'intero profilo di Thunderbird).
Se sbagli qualcosa, rischi infatti di perdere tutto (irreversibilmente)!!