Credo che sia solo un piccolo problema di impostazione
Apri le impostazioni account, seleziona il tuo account Yahoo, e controlla:
Deve essere spuntato "Conserva in questo computer i messaggi di questo account", "Sincronizza in locale i messaggi di qualunque età", niente spunta su "Non scaricare i messaggi più grandi di" spunta su "Non eliminare alcun messaggio" e "Conserva sempre i messaggi speciali"
Poi clicca su avanzate, e spunta ogni cartella che vuoi avere sempre disponibile offline:
Tutto questo potrebbe rendere lentuccia la sincronizzazione dei messaggi in alcuni casi, ma non andrà a toccare nulla della posta online.
Aumenterà anche lo spazio utilizzato dal profilo sul tuo hard disk ovviamente
Se i messaggi che hai trovato nei backup dovessero essere stati cancellati dal server, nessuna paura.
Installa
ImportExportTools su Thunderbird.
Importa poi i messaggi dai tuoi backup.
Spendi un po' di tempo una volta sola, per rimuovere i duplicati (non temere, ImportExportTools non andrà a fare una minestra nella tua inbox: tutti i messaggi importati vengono piazzati in una sottocartella di cartelle locali)
Trascina di nuovo i messaggi, un po' per volta, dalle cartelle locali alle cartelle del tuo account (verranno ricaricati online sul server)
Dopo aver messo la configurazione imap come ti ho detto, non ti succederà più di vedere messaggi sparire.
Se hai paura di fare pasticci, prima di iniziare questo lavoro, esegui un'altro backup (ci va veramente un attimo)
Se vuoi alleggerire il carico suol server, sposta i messaggi che non ti serve avere sempre disponibili dalle cartelle del tuo account, in una cartella su cartelle locali (ricorda bene: ogni messaggio spostato in cartelle locali, sarà poi disponibile solo sulla macchina in cui lo hai salvato, finché non vai a riportarlo nelle cartelle imap del tuo account)
Ci sono punti oscuri nella mia spiegazione?