Utilizzi come impostazione "Cartelle unificate" (in alto nella parte sinistra della finestra principale di Thunderbird sopra "Posta in arrivo") ?
Hai provato a chiudere e riavviare Thuderbird per vedere se (sempre nella parte sinistra della finestra iniziale) al riavvio ti compare una cartella "Archivi"?
Thunderbird > Strumenti > Impostazioni account..." clic nella parte sinistra su "Cartelle e copie" dell'account che ti interessa, come è impostata Archivi messaggi (parte destra della finestra)?