Guarda ti dico - se senza accelerazione hardware fila liscio, non hai nessun problema tu nello specifico.
Io sono costretto a disabilitarla su ubuntu a 64 bit con il plugin flash a 64 bit (sia l'accelerazione hardware che quella di flash), altrimenti i filmati youtube e i flash a tutto schermo si impastano terribilmente.
Questo perché tengo anche gli effetti speciali del desktop pompati a palla (Compiz).
Anche windows 7 ha gli "effetti speciali" (aero e le sue trasparenze)
Flash neri strani, bordi trasparenti che diventano all'improvviso non trasparenti, finestre di lettori multimediali che "passano attraverso" alle finestre che gli stanno sopra, sono tutti errori di compositing (la tecnica di accelerazione hardware paradossalmente utilizzata per velocizzare il sistema a finestre, ma che ogni tanto fa scherzi così)
Non esistendo un protocollo, un driver e un hardware unico per accelerare gli elementi 2d a schermo, è una caccia continua al bug :/ Il colpevole non è mai uno solo, è la combinazione di os e suoi effetti speciali, software, driver e hardware.