E' cambiato il percorso del plugin java.
Il link simbolico va creato a libnpjp2.so e non più a libjavaplugin_oji.so.
Con Firefox 3.5 funzionano entrambi con Firefox 3.6 solo il nuovo.
Il percorso, che potrebbe anche differire leggermente nel tuo caso, è questo:
/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.23/jre/lib/i386/libnpjp2.so