Io avevo lo stesso problema ma ho trovato un metodo diverso di risolvere il tutto:
dal menu "STRUMENTI" -> Impostazioni account -> PER OGNI SINGOLO ACCOUNT selezionare la scheda "Impostazioni server" -> cliccare il button "Avanzate" (a destra del check "Svuota cestino all'uscita") -> selezionare il check-box della cartella che si vuole usare per memorizzare le mail di questo account, selezionare il check-box "Includi questo account durante la ricezione della posta".
Questi passaggi, evidentemente, sovrascrivono alcuni set di configurazione che, con la semplice operazione di upgrade di versione (da 2.x a 3.x), non vengono ben interpretati dalla nuova versione di Thunderbird.
Adesso che abbiamo "sovrascritto" le righe di configurazione mal interpretate, possiamo rivedere tutti i vari settaggi per personalizzare di nuovo il nostro Thunderbird (quindi togliere il check per quegli account che NON vogliamo includere in automatico nella ricezione posta, modificare le cartelle o le modalità di scarico delle mail per ogni singolo account, etc.).
Capisco che la mia soluzione è un po' "empirica" e molto poco "professional/tecnica", ma funziona... e io mi sono accontentato di questo.
Salutissimi.
D-3BO