Il file "Inbox.msf" è quello che contiene l'indice dei messaggi contenuti nel file "Inbox"; per il corretto funzionamento del programma, i file di indice devono essere a posto.
Nel tuo caso, l'errore di "troncamento" ha evidentemente causato una possibile corruzione del file: il consiglio e di seguire quanto suggerito nel messaggio di errore, con Thunderbird chiuso rinomina il file "Inbox.msf" in "Inbox.msf.bak" (è lo stesso che cancellarlo, ma rinominare è sempre meglio che cancellare!), quindi riavvia il programma e il file verrà automaticamente ricreato.