Premetto che non ti saprei aiutare se la tua domanda è: "come integrare un applet Java in Thunderbird",
ti chiedo solo, per sgombrare eventuali dubbi che ci potrebbero essere, tu hai creato il file jar usando Java
perchè hai visto che nei file XPI c'è questo tipo di file oppure perchè lo vuoi veramente creare in Java il plugin ?
Perchè i file jar che vedi nei XPI non sono file eseguibili di Java ma dei file compressi in formato ZIP a
cui è stato cambiato il nome e che contengono il codice vero e proprio (scritto, solitamente, usando XUL e Javascript).
Se lo sapevi già e sono io ad aver capito male la tua richiesta, scusami, poi ti risponderà qualcuno più esperto in materia.
Ciao