La precisazione di Underpass è assolutamente corretta.
Diciamo che quando avvii Firefox, il programma "carica" le impostazioni prima da prefs.js poi da user.js (e quindi quest'ultime diciamo così "prevalgono").
Quando modifichi qualcosa da about:config, in realtà non viene modificato nessun file, ma semplicemente il valore della preferenza in memoria.
Quando chiudi Firefox, il programma scrive nel file prefs.js tutte le preferenze che ha in quel momento in memoria, in modo da poterle ricaricare al prossimo riavvio (è per questo motivo che un crash può far perdere le personalizzazioni fatte in quella sessione).
In questo modo, come ha già detto Underpass, alla chiusura del programma quello che era in user.js all'avvio viene "trasfuso" in prefs.js.
Tornando al file .pac, se hai un server in ufficio, potresti anche caricarlo lì e fare puntare tutti i client a quell'unico file.